En 1926 fue declarado Monumento Histórico-Artístico de interés nacional.

El templo, que se terminó en 1495, corresponde plenamente al tipo isabelino, de una sola nave con capillas-hornacinas entre los contrafuertes y con coro elevado a los pies.

La profusa ornamentación del templo muestra los símbolos de los Reyes Católicos, así como el águila de San Juan y decoración heráldica. El perímetro interior de la iglesia está recorrido por una franja con un texto conmemorativo, lo que puede considerarse una adaptación de la epigrafía árabe a la arquitectura cristiana. El escultor Egas Cueman colaboró decisivamente en la decoración del conjunto.

El retablo de la iglesia fue realizado por Antonio de Comontes para el Hospital de Santa Cruz, de ahí que muestre las armas del cardenal Mendoza, fundador del Hospital. En el retablo encontramos las siguientes escenas: Jesús camino del Calvario, El Descendimiento, Santa Elena con los milagros de la Cruz.

El claustro, considerado una de las joyas españolas del gótico de transición al renacimiento, fue fuertemente restaurado. La iglesia se comunica con el claustro por el lado sur a través de dos puertas situadas en el crucero y en la nave.

En su sobria fachada exterior, la reina hizo colgar las cadenas de los esclavos cristianos liberados en Granada tras su toma